Zgodnie z definicją zawartą w art. 68 Ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych system kontroli zarządczej w jednostkach sektora finansów publicznych stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:

1. zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;
2. skuteczności i efektywności działania;
3. wiarygodności sprawozdań;
4. ochrony zasobów;
5. przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;
6. efektywności i skuteczności przepływu informacji;
7. zarządzania ryzykiem.

Użyty przez ustawodawcę zwrot „w szczególności” wskazuje, że jest to katalog otwarty. Należy uznać, że kontrola zarządcza zapewnić powinna również zgodność działania jednostki również w innych, niewymienionych obszarach.

Na funkcjonowanie kontroli zarządczej negatywnie wpływa samo pojęcie. Należy zwrócić uwagę, iż użyte słowo „kontrola” ma przybliżyć znaczenie polskiego terminu do jego angielskiego odpowiednika „control”, który oznacza raczej nadzór, zarządzanie, panowanie nad sytuacją, niż przeprowadzanie kontroli w naszym, tradycyjnym znaczeniu. Sformułowanie w ustawie o finansach publicznych pojęcia „kontrola” związana z wykrywaniem słabości i nieprawidłowości oraz ich korygowaniem powoduje podważanie postrzegania kontroli zarządczej jako procesu związanego z bieżącym zarządzaniem jednostką.

Pojawienie się nowego pojęcia w polskim prawie wprowadziło chaos oraz różną interpretację roli kontroli zarządczej i próby jej wdrożenia w jednostkach.

System kontroli zarządczej powinien służyć zgromadziu (bądź utwarzeniu) procedur kontroli i audytu w jedną całość. Tworząc ten system, kierownik jednostki musi pamiętać aby był on elastyczny i dostosowany do potrzeb danej jednostki. Wszystkie zgromadzone procedury Kierownik może ująć w ramy jednego aktu – Regulaminu funkcjonowania kontroli zarządczej. Regulamin powinien odwoływać się do funkcjonujących już w szkole procedur, instrukcji oraz regulaminów, których posiadanie wynika z innych reżimów prawnych. Regulamin musi jednak obowiązkowo zawierać włąściwą dla kontroli zarządczej procedurę wyznaczania celów jednostki oraz zasady samooceny. Przy wdrażaniu kontroli zarządczej należałoby pamiętać, aby w jej system wpisać takie procedury czy metody działania, które będą praktyczne i dzięki którym jednostka osiągnie założone cele.

Dokumentacja systemu kontroli zarządczej powinna być spójna i dostępna dla wszystkich pracowników, którym jest niezbęna.

Wdrożenie w jednostce systemu kontroli zarządczej nie powinno wiązać się z tworzeniem nowych struktur czy zatrudnieniem nowych pracowników, obsługująych system kontroli zarządczej w jednostce. Zadania w tym zakresie powinny być przypisane do pracowników już zatrudnionych.

Do podstawowych czynników wpływających na kształt systemu kontroli zarządczej należy zaliczyć: wielkość jednostki gospodarczej, przedmiot jej działalności, strukturę organizacyjną, sposób organizacji pracy, metody zarządzania.

Priorytetowym zadaniem Kierownika jednostki jest zrozumienie założeń systemu kontroli zarządczej. Bazę tego stanowią standardy kontroli określone przez Ministra Finansów w oparciu o standardy międzynarodowe, a także wytyczne do samooceny kontroli zarządczej, będące równocześnie rozszerzeniem poszczególnych standardów.